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廣州競遠生物科技有限公司
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| 單細胞ATAC測序分析服務 |
Single Cell ATAC-seq
ATAC-seq(Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing)是基于高通量測序的染色質開放性研究，染色質開放區域是染色質中呈松散狀態、可發生DNA復制和基因轉錄的區域，ATAC-seq 使用改造 Tn5轉座酶，捕獲染色質開放區，將測序接頭引入開放染色質的兩端，用于表觀遺傳、基因調控研究。ATAC-seq 與其他染色質開放性檢測技術相比，具有操作簡單、省時省力、無需抗體富集、樣本起始量低等顯著優勢。
單細胞測序技術優勢
單細胞測序技術作為微量細胞、稀少樣本、細胞異質性的完美解決方法，自技術推出以來，已廣泛應用于腫瘤、免疫、發育、神經、微生物等研究領域。細胞異型性是細胞之間的重要差異，僅使用組織樣本進行二代測序，會掩蓋樣本的真實結果，無法進行細胞層面的研究。如下圖所示，進行組織層面的測序，三個樣本之間并無差異，但其實樣本中存在不同表達狀態的細胞，只有使用單細胞測序，才能揭示樣本的真實情況，精準研究細胞異質性。
單細胞ATAC技術原理
擁有75萬種不同的barcode凝膠珠（barcoded gel beads），基于其核心的微流控技術形成油滴包裹的GEM（Gel Beads-in-emulsion），每個GEM中只包含一個核和一個特定序列的barcode凝膠珠，一個特定barcode序列標記一個細胞核的所有序列，因此可通過barcode序列追溯細胞來源。
實驗流程
轉座酶處理：使用改造Tn5轉座酶，捕獲染色質開放區，將測序接頭引入染色質開放區的兩端。
細胞核標記：將Tn5轉座酶處理后的樣本加入10x芯片，利用barcode標記細胞來源，形成油滴包裹的GEM。
文庫構建：基于Tn5轉座酶引入的測序接頭構建文庫。
單細胞ATAC優勢
低成本：每個細胞成本遠遠低于傳統單細胞測序、組織測序；
短周期：1h即可完成Tn5轉座酶對染色質開放區域的切割；
高通量：7min即可完成1,000-80,000個細胞核的標記；
大數據：可獲得多至萬個細胞的數據，不依賴于抗體捕獲，全面性研究染色質開放區域；
專業軟件：配套官方可視化軟件。
應用方向
研究領域應用范圍廣——干細胞、發育分化、腫瘤、免疫、神經系統等。
分析內容
基于染色質開放區域和轉錄因子motif富集進行細胞的分群和鑒定；
分析轉錄起始位點和調控區域；
比較不同細胞的染色質開放程度差異。
圖4 單細胞ATAC部分分析內容展示
參考文獻：
[1] Buenrostro Jason D,Giresi Paul G,Zaba Lisa C et al. Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position[J |
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