發酵的方法是：
① 加水量的要求：將各種農業廢棄物混合拌勻，加入適量的水．使含水量達到60～75％以上（一般要求的加水量為料水比為1︰2～3）。
② 碳氮比的要求：理論上要求碳氮比25～35︰1，發酵效果才比較好，但如果是農作物秸稈例如玉米秸稈等覺見秸稈的碳氮比為65～85︰1，碳素過高，不利于發酵，即使發酵完成，所生產的有機肥仍然碳氮比過高，如果施于農田，則可能產生土壤中的微生物與農作物爭奪氮素的現象，造成農作物幼苗生長不好的缺點，例如麥苗會因缺氮而黃化、瘦弱，生長不良。
碳氮比的解決方法：在每2立方米秸稈中加入6～10公斤尿素一起發酵，尿素先溶解于水中加入；或加入10公斤磷酸二銨；或者加入200公斤一周內的動物糞尿都可以達到很好的調節碳氮比的效果，再加入秸稈腐熟劑；
如果是田間秸稈的凼漚發酵，則*好是把秸稈粗粉碎處理，秸稈粉碎后，在秸稈表面每畝撒施碳酸氫銨50公斤或尿素20公斤，再加入秸稈腐熟劑，然后耕翻。
③ 秸稈腐熟劑的加入量：國家要求每噸秸稈有機物至少加入2公斤的秸稈腐熟劑，但實際情況有所區別，國家的要求是針對正好符合國家農用微生物菌劑標準GB20287-2006的產品而言的，這種產品的微生物含菌量標準規定為0.5億/克，但如果產品的微生物含量達到10億/克以上的產品，則發酵一噸秸稈只需要100克就可以，堆肥快速腐熟劑的含菌量達到80億/克，完全可以只用100克就達到快速腐熟的要求。
④ 發酵過程中操作要求：要求堆高不少于80公分，每次處理量不少于2立方米，太少則很難保溫，要求在發酵過程中，至少翻堆兩次為宜，目的是發酵中途補充空氣，加速發酵進程；發酵堆溫*高宜達到60度以上，并保持兩天以上。
⑤ 除了加入上面說的尿素、或磷酸二銨、或動物糞便等來調節碳氮比外，建議加入過磷酸鈣，加入量為每2立方米加入10公斤，或每噸秸稈料加入25公斤，過磷酸鈣既是肥料又有除臭作用。
⑥ 必須指出的是，堆肥發酵是一種半好氧發酵模式，發酵過程中可以通過在中間插一把秸稈作為通氣道，或翻堆兩次的方法供空氣； |
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