(一)球蟲病
【病因】 主要是艾美爾球蟲屬、等抱子球蟲屬的球蟲寄生于鱷的膽囊、膽管及腸上皮內，引起膽囊、膽管、腸上皮發生壞死。
球蟲體積很小，只有在顯微鏡下才能看到。球蟲是多種動物共患的一種病原體。患病動物是主要的傳染源(如病雞、病鱷等)，其糞便污染飼料、飲水、墊草、用具及地面后，球蟲卵囊在適宜的條件下1~3天發育成侵襲性的抱子卵囊，被健康鱷食人后，抱子卵囊鉆人腸壁、膽囊壁、膽管壁發育成裂殖體，致使腸赫膜受到嚴重損害。裂殖體在腸壁上皮細胞內進行有性繁殖，發育成成熟的卵囊，隨糞便排出體外，再感染健康鱷。本病一旦發生，死亡率高。
【癥狀】 病鱷精神沉郁;昏睡;不運動;減食;腹瀉，排褐色，戈幻色糊狀惡臭糞便，嚴重者排血便。病鱷多在2~3天內死亡。剖檢可見腸道、膽囊、膽管高度腫脹、充血、出血，并有潰瘍壞死灶。腸內容物血樣。鏡檢腸內容物、腸上皮及排出的糞便可發現球蟲病原體。
【防治】 為預防本病可采取如下措施：
其一，搞好養殖場水池、地面的衛生，連同用具用熱堿水消毒。
其二，加強伺養管理，給鱷多種維生素，增強抵抗力。
其三，用雞、鴨飼喂鱷，一定要做好檢疫，不能用帶有球沖的禽類做飼料。
其四，在飼料中混人抗球蟲藥進行預防：莫能霉紊按0.01% ，鹽霉素按0.005 %混人飼料中治療本病可用下列藥物：① 氯苯胍：每50下克加氯苯胍2克，連用5~7天。② 磺胺二甲基嘧啶：按0.5%混人飼料，連喂7天。
(二)蛭病
【病因】 水蛭類的扁體吸蟲寄生于鱷體上。因蟲體種類不一，大小不等。一般蟲體呈長橢圓形，背部稍隆起，體長約2~6厘米，寬0.5~2.5厘米，呈淡黃色，或灰白色、褐綠色等顏色。身體前端有一吸盤，有的蛭類身體后端還有一吸盤。
【癥狀】 水蛭常寄生在鱷的口腔里，在齒齦、舌、牙縫、領內等處都可寄生，吸取鱷的營養。由于寄生處的表皮被破壞，常引起繼發感染。寄生數量較多時可引起貧血、消瘦等癥狀
【防治】 可在養殖池里撒放生石灰殺蟲，簡便易行，效果好。寄生蟲體可以用手除去。
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