醫院會計制度改革主要亮點包括：強調醫院的公益性、嚴格進行預算管理；完善財務管理體制，規范財務行為；科學界定收支分類，全面真實反映；會計報表體系更加完善，會計信息更完整；注重醫院成本核算、切實加強成本管理；計提醫療風險基金，強化醫院風險管理；計提固定資產折舊、資產信息更加真實；設“待沖基金”科目，核算更具實用性；將基建納入大帳，醫院收支核算更全面根據以上會計制度改革特點，研發設計了本款財務管理系統-醫院專版
為了適應各方面情況變化和需要，進一步規范公立醫院的會計核算，提高醫院會計信息質量，根據《中華人民共和國會計法》、事業單位會計準則及國家有關法律法規，財政部于2011年初發布新《醫院會計制度》（財會［2010］27號）。
新制度適用于中華人民共和國境內各級各類獨立核算的公立醫院，包括綜合醫院、中醫院、專科醫院、門診部（所）、療養院等。不包括城市社區衛生服務中心（站）、鄉鎮衛生院等基層醫療衛生機構。企業事業單位、社會團體及其他社會組織舉辦的非營利性醫院可參照本制度執行。
新老制度對比分析
與現行醫院會計制度（財會字［1998］56號）相比，新醫院會計制度（財會［2010］27號）主要在以下幾個方面有重大的變化：
（1）新醫院會計制度新增了與國庫集中支付、政府收支分類、部門預算等財政改革相關的會計核算內容。
（2）為了真實反映資產價值、合理確定醫療成本，規定醫院計提固定資產折舊，折舊額分期計入相關成本費用。計提折舊的資產包括房屋及建筑物、專用設備、一般設備和其他固定資產，圖書除外。
（3）為了解決現行制度下醫院醫療和藥品收支不配比、成本核算體系不健全、科研教學經費核算混亂等問題，借鑒國際慣例，合并了醫療、藥品收支核算，分別在醫療收入下設二級科目門診收入、住院收入中核算；規定管理費用不再分攤；完善了自制藥品和材料的成本核算；明確了科教收支的會計處理。
（4）進一步完善了報表體系
取消：《基金變動情況表》；
調整：將原來的《收入支出總表》改為《收入費用總表》；
增加：《醫療收入費用明細表》（收入費用總表附表）、《現金流量表》、《財政補助收支情況表》。
（5）醫院財務情況說明書中增加對成本核算及控制情況說明的要求，要求附規定格式的相關成本報表。增加了《醫院各科室直接成本表》；《醫院臨床服務類科室全成本表》；《醫院臨床服務類科室全成本構成分析表》三張報表
（6）醫院對基本建設投資的會計核算需要按照本制度單獨建賬、單獨核算。
制度要點 產品特色
多資金多部門
固定資產管理 1、基于卡片模式的固定資產管理，按資金來源比例與部門分攤等級資產原值
2、支持資產按照資金來源比例分別計提資產折舊
3、支持資產多部門分攤，可以根據多資金來源情況按部門分攤比例計提折舊
4、支持多資金來源、多部門分攤固定資產價值變動自動生成憑證
5、提供多種資金來源固定資產的各種查詢分析報表，幫助使用者、管理者全面了解與控制多種資金來源固定資產的使用情況
成本報表 1、根據醫院財務情況說明書中增加對成本核算及控制情況說明的要求增加了三張報表
《醫院各科室直接成本表》；
《醫院臨床服務類科室全成本表》；
《醫院臨床服務類科室全成本構成分析表》
基礎數據調整 1、 按照新制度要求預制了會計科目
2、 增加了現金流量項目等基礎數據
收支管理規范
加強核算管理 1、 提供收支結轉功能，財政項目補助、科教項目收支結轉等自動完成
2、 提供結余分配功能，將結余部分自動分配
3、 以轉賬的形式，實現各種基金的自動提取
4、 提供備查簿功能，可以將財政基本補助支出備查簿自動等級
預算管理 1、實現部門預算、科目預算、項目預算、成本預算等的預算分析及核算控制
財政項目
科教項目
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