項目確認及登記實行屬地化管理。企業研究開發的項目按工作職能分別由企業所在地的省轄市、縣（市）科技部門或經信委進行確認，由主管稅務機關進行項目登記。主管稅務機關有疑義的，提請上一級（省、市）稅務機關會同有關部門提出鑒定意見。
省地稅局直屬稅務局和省國稅局直屬分局管轄的企業，項目登記分別由省地稅局直屬稅務局、省國稅局直屬分局受理登記。
項目確認及登記可采取以下任一種方式：
（一）企業向政府科技部門或經信委申請項目確認，政府科技部門或經信委審核并出具《企業研究開發項目確認書》后，由政府科技部門或經信委等部門連同申請資料一同提交同級主管稅務機關，稅務機關審核并進行項目登記。
（二）企業向主管稅務機關申請項目登記，稅務機關統一受理企業研發項目資料，提請政府科技部門或經信委進行項目確認，稅務機關再進行項目登記。
項目確認及登記依項目進行申請。企業當年存在多個研究開發項目的，按項目進行確認和登記。企業當年存在自行開發、委托開發、合作開發、集中開發項目的，按開發項目類別逐項進行確認和登記。
項目登記采取編號的辦法，每個項目一個編號。企業跨年度的研發項目，采取一次登記編號的辦法。
企業申請項目確認和登記時，應報送以下資料：
（一）《江蘇省企業研發項目情況表》（一式三份）。
（二）自主、委托、合作研究開發項目計劃書和研究開發費預算（兩份）。
（三）自主、委托、合作研究開發專門機構或項目組的編制情況和專業人員名單（兩份）。
（四）企業總經理辦公會或董事會關于自主、委托、合作研究開發項目立項的決議文件（兩份）。
（五）委托、合作、集中等研究開發項目的合同或協議（兩份）。
（六）稅務機關、政府科技部門或經信委等部門需要提供的其他資料。
政府科技部門或經信委在收到企業或稅務機關轉送的項目資料后，審核申報的研發項目是否符合《國家重點支持的高新技術領域》（國科發火〔2008〕172號）和國家發展改革委員會等部門公布的《當前優先發展的高技術產業化重點領域指南（2007年度）》（國家發展改革委員會等部門2007年度第6號公告），并在10個工作日出具《企業研究開發項目確認書》。
稅務機關受理企業項目資料后，在3個工作日內將企業申請資料提交政府科技部門或經信委進行項目確認。
稅務機關應在收到《企業研究開發項目確認書》和企業其他申請資料之日起10個工作日內審核并進行項目登記。
企業當年立項或變更立項的研究開發項目，應自項目立項或變更立項之日起1個月內申請項目確認和登記；企業跨年度開發的研發項目，在首次立項研發的年度申請項目確認和登記，以后年度不再報送研究開發項目確認和登記資料。
稅務機關應加強企業研發項目的審核工作。對無異議或不予登記的項目，向企業出具《企業研發項目登記信息告知書》，告知項目登記號或不予登記的原因。對集中開發項目，由企業集團主管稅務機關同時抄送本省參與項目研發各成員公司的主管稅務機關。
研究開發項目出現下列情況之一的，屬于研究開發項目變更的情形，企業應辦理研究開發項目變更登記，重新取得研究開發項目登記號：
（一）項目開發方式（自行開發、委托開發、合作開發、集中開發）發生改變的；
（二）原申報的研發項目中的部分內容發生調整，或者研究開發費預算發生改變超過10%的；
（三）需要變更登記的其他情形。
各地稅務機關與政府科技部門和經信委可根據本地實際情況聯合制訂本地區的項目確認及登記辦法，明確本地區項目確認和登記的具體流程。
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