RIP（RNA Binding Protein Immunoprecipitation, RNA結合蛋白免疫沉淀）是研究體內 RNA 與蛋白結合情況的技術，主要包括RIP-qPCR和RIP-seq兩種；其中RIP-qPCR用來驗證與目標蛋白結合的已知RNA，RIP-seq用來篩選與目標蛋白結合的未知RNA。
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RNA免疫沉淀RIP實驗原理
細胞裂解后，孵育結合了抗體的珠子，誘餌蛋白通過其抗體結合到Beads上，同時和誘餌蛋白互作的RNA，也一起沉淀到Beads上。洗滌掉未結合的RNA后，再用洗脫液將RNA-蛋白復合物從Beads洗脫下來，便得到RNA免疫沉淀產物。RIP產物既可用qPCR檢測已知RNA，也可以二代測序檢測未知RNA。
當沒有合適的誘餌蛋白抗體時，可以通過表達融合了flag標簽的誘餌蛋白，利用flag標簽做免疫沉淀。即細胞過表達Flag-Bait，經裂解后與anti-Flag珠子孵育，誘餌融合蛋白與Beads結合，與誘餌融合蛋白互作的RNA“共沉淀”到Beads上，再經洗滌、洗脫后做qPCR或NGS測序。
研究路線
細胞、CAM和小鼠實驗均表明PART1水平與胃癌的惡性程度、轉移能力呈負相關
RNA-seq實驗發現高表達的PART1下調了PI3K-Akt通路的一些基因，上調了腫瘤抑制基因PLZF，腫瘤組織檢測和TCGA數據庫資料確定了該結果
RNA pull-down結合質譜鑒走技術首次發現了PART1的潛在結合蛋白——AR(已有研究表明AR可以激活前列腺瘟中的PLZF并抑制其增殖
RNA pull down WB和 RIP qPCR實驗確定了PART1與AR的相互作用
ChIP和雙熒光素酶實驗表明AR與PLZF啟動子的2個位點結合，PLZF啟動子因AR、PART1的單獨作用或兩者的協同作用而激活
數據庫調查和Co-IP結果均顯示PIZF蛋白與EZH2蛋白結合
ChIP-qPCR結果表明PI3K-Akt通路蛋白PDGFB的啟動子與PIZF、EZH2蛋白結合、且該區域發生H3K27me3修飾
功能回復實驗表明， PDGFB過表達可以部分回復PART1對GC細胞生長、遷移和 |
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