1、占比不達標。研發人員不達標，研發費用占比不足，高品收入占比不達標。某企業不注重規劃，年底企業銷售收入激增，導致年底找研發費用的情況頻發。某研發型科技企業沒有提前規劃，年度入賬政府補貼800萬，導致補貼收入大于自產銷售收入，高新技術產品收入占比不達標。
2、同一數據不同系統填報不一致。統計季報、火炬年報、高企年報數據不一致。某企業不重視科技系統有關高企內容的填報，導致稅務系統中和高企系統中的研發費用，職工總數，研發人員數目不一致，導致在重新認定的時候稅務解釋很困難。
3、火炬年報中存在大量前后勾稽關系。跳錯無法上報、預警無法給予合理解釋。某科技企業在填寫過程中系統一直報警，導致沒有按時提交上去。
4、錯過填報時間。科技部門通知周期短，系統使用人員多，截止時間系統將在國家科技部關閉，無力回天，導致某企業錯過填報時間。
5、專業術語（基礎研發，科技成果，新產品的定義，人員和項目之間關系）理解不到位導致填寫錯誤，影響三年后高企申報。某新認定高新技術企業不知道這些數據如何填寫。
6、研發費用占比銷售收入比例不達標。吳江一家公司*后導致研發費用*后一年嚴重偏高，稅務認為有為高企湊數據的嫌疑。
7、各費用之間占比和各項目之間分配方式不合理。如項目之間平均分配費用，平均分配在研發費用結構明細表中專家一看就是湊的研發費用。
8、歸集口徑問題。歸集不能歸集的費用如福利費、招待費，目前高新技術企業研發費用歸集原則《高新技術企業工作管理指引》國科發火【2016】195號文，加計扣除歸集的原則為《財政部 國家稅務總局 科技部關于完善研究開發費用稅前加計扣除政策的通知》財稅【2015】119號和《國家稅務總局關于企業研究開發費用稅前加計扣除政策有關問題的公告》國家稅務總局公告2015年第97號，必須在兩者之間有所平衡。
9、原始憑證無法證實其為研發費用。某科技企業證據鏈不完整，沒有辦法證書研發費用發生的真實性。
10、組織協調問題。因涉及多個相關部門，各部門配合之間存在很大問題 ，部門職責難以明確。
11、“做”賬。財務管理制度和內部控制制度不健全，容易出現研發費用為單獨財務部門“做”出來。
12、專業局限性。財務人員對高企專業程度存在局限性，對高企財務理解不清晰。
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