土壤呼吸在一定程度上反映土壤養分轉化和供應能力，是土壤生態系統中表征土壤質量和土壤肥力的重要生物學指標。在外界條件不同的情況下，微生物體內與呼吸作用相關的酶活性會產生相應的不同變化，影響土壤呼吸作用。
在室內模擬田間環境條件下測定不同時間內土壤微生物呼吸強度，發現施用適量的草甘膦一周后，土壤呼吸強度增強，說明草甘膦影響土壤微生物的新陳代謝，在一定程度上破壞土壤微生態系統的平衡，但這種影響在16 天后可以恢復，施用劑量越小越容易恢復，劑量越大越難恢復。
土壤生態系統中，土壤酶參與包括土壤生物化學過程在內的自然界物質循環。土壤酶活性可反映土壤中進行的生物化學過程的動向和強度，有助于土壤肥力的形成和提高，同時對土壤生態系統的物質循環具有重要意義，是土壤生態系統的感應器，可準確反映土壤生理———生態變化，預示土壤肥力和土壤的健康狀況。研究除草劑對土壤酶活性的影響，通過土壤酶活性變化評價農藥施用效果及對土壤環境的影響已成為研究除草劑對土壤生態系統影響常見方法。應用土壤酶作為監測指標，評價除草劑的生態毒理學效應已成為環境科學領域的研究熱點問題之一。
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