菌肥又叫做生物肥、生物肥料、細菌肥料等。準確的講它是菌而不是肥，因為它本身含有大量的微生物，在土壤中通過微生物的生命活動，改善作物的營養條件。
土壤由礦物質、有機質和微生物三大部分組成，是農作物生長發育的基礎。土壤中的有益微生物直接參與土壤中物質和能量的轉化、腐殖質的形成和分解、養分的釋放。氮素的固定等一系列土壤肥力形成和發育過程。采用人為方式向土壤中增加有益微生物數量，就能夠增強土壤中微生物的活性，從而提高土壤的肥力。特別是農作物根際土壤微生態系的微生物活性對植物根部營養則更為重要，因此，在植物根際施用微生物肥料，就可以增加根際土壤中的有益菌的數量和活性，導致土壤肥力的增強。
菌肥的作用：
1、菌肥中的微生物在土壤內的生命活動過程中，會產生大量的赤霉素和細胞激素類等物質，這些物質在植物根系接觸后，會調節作物的新陳代謝刺激作物的生長，從而使作物產生增產效果。
2、以邪壓正，減輕病害。菌肥中在植物根系大量生長、繁殖，從而形成優勢菌群，這樣就抑制和減少了病原的入侵和繁殖機會，起到了減輕作物病害的功效。
3、刺激有機質釋放營養。豐富的有機質通過微生物活動后，可不斷釋放出植物生長所需要的營養元素，達到肥效持久的目的。
4、松土保肥、改善環境。豐富的有機質還可以改善土壤物理性狀，增加土壤團粒結構，從而使土壤疏松，減少土壤板結，有利于保水、保肥、通 氣和促進根系發育。
生物菌肥在使用中需要注意的問題：
1、使用生物肥料要求一定的環境條件和栽培措施，以保證微生物生長繁殖所需要的環境條件，使肥料充分發揮作用；
2、生物肥料一般不能單獨施用，一定要和化肥、有機肥配合施用，只有這樣才能充分發揮生物肥料的增產效能；
3、在生產、運輸、貯存和使用過程中注意殺菌條件。
利用土壤中一些有特定功能的細菌而制成的菌肥，具有改良土壤、保護生態環境等明顯的生態效益，是21世紀生態農業的首選肥料。
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