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Thermo氣套式加熱和水套式加熱，兩種加熱系統都是精確和可靠的，同時它們都有著各自的優點和缺點。
水套式加熱
Thermo水套式加熱是通過一個獨立的水套層包圍內部的箱體來維持溫度恒定的，其優點：水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統就可以比較長時間的保持培養箱內的溫度準確性和穩定性，有利于實驗環境不太穩定（如有用電限制或經常停電）的用戶選用。
氣套式加熱
氣套式加熱是通過遍布箱體氣套層內的加熱器直接對內箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱。
氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢復比水套式培養箱迅速的特點，特別有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關取放樣的培養。此外，對于使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化（水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，并要經常監控水箱運作的情況，還有潛在的污染隱患）。
注意事項：1、二氧化碳培養箱未注水前不能打開電源開關，否則會損壞加熱元件。
2、培養箱運行數月后，水箱內的水因揮發可能減少，當低水位指示燈(WLow12)亮時應補充加水。先打開溢水管，用漏斗接橡膠管從注水孔補充加水使低水位指示燈熄滅，再計量補充加水(CP-ST200A加水1800ml，CP-ST100A加水1200ml)，然后堵塞溢水孔。
3、二氧化碳培養箱可以做高精度恒溫培養箱使用，這時須關閉CO2控制系統。
4、因為CO2傳感器是在飽和濕度下校正的，因此加濕盤必須時刻裝有滅菌水。
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