臭氧是一種強氧化劑，具有良好的殺菌消毒效果。其滅菌的過程屬于生物化學氧化反應，可以氧化分解細菌等微生物內葡萄糖所必須的酶，也可以直接與細菌、病毒發生作用，破壞其細胞核核糖核酸，分解DNA、RNA、蛋白質、脂質類和多糖等大分子聚合物，使細菌等微生物內的物質發生通透性畸變，導致細胞的溶解死亡，并且將死亡菌體內的遺傳基因、寄生菌種、寄生病毒粒子、噬菌體、支原體及熱源（細菌病毒代謝產物、內毒素）等溶解變性滅亡。
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