醫藥中間體廢水屬水質比較復雜、高濃度、高色度、難降解的有機廢水，針對醫藥中間體廢水具有高COD、高鹽度、高色度、成分復雜、可生化性差等特點，目前采用的處理方法一般是物化預處理+生化法組合處理。通過預處理的物化過程，使污染物濃度大幅度降低，減輕后續生物處理的負荷。
醫藥中間體廢水物化預處理與生化法組合處理工藝
1、物化處理
由于醫藥中間體廢水的水質特點使得多數制藥廢水單獨采用生化法處理根本無法達標，所以在生化處理前必須進行必要的預處理。目前應用的物化處理方法主要包括混凝、氣浮、吸附、氨吹脫、電解、離子交換和膜分離法等。根據醫藥廢水的水質特點，在其處理過程中需要采用物化處理作為生化處理的預處理或后處理工序。預處理后的廢水，可根據其水質特征選取某種厭氧和好氧工藝進行處理，若出水要求較高，好氧處理工藝后還需繼續進行后處理。
2、生物處理
生化處理技術是目前制藥廢水廣泛采用的處理技術，包括好氧生物法、厭氧生物法、好氧－厭氧等組合方法。
一般應設調節池，調節水質水量和pH，且根據實際情況采用某種物化或化學法作為預處理工序，以降低水中的SS、鹽度及部分COD，減少廢水中的生物抑制性物質，并提高廢水的可降解性，以利于廢水的后續生化處理。
具體工藝的選擇應綜合考慮廢水的性質、工藝的處理效果、基建投資及運行維護等因素，針對不同廢水采用不同預處理方法和生化系統的組合，通過預處理系統，減輕部分廢水對微生物的抑制作用，另外提高廢水的可生化性。
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