多肽疫苗分為3大類:
1、抗病毒相關多肽疫苗，包括HBV、HIV、呼吸道合胞病毒等；
2、抗腫瘤相關多肽疫苗，包括腫瘤特異性抗原多肽疫苗、癌基因和突變的抑癌基因多肽疫苗；
3、抗細菌及寄生蟲感染的多肽疫苗，如結核桿菌短多肽疫苗、血吸蟲多抗原多肽疫苗和惡性瘧疾的CTL表位多肽疫苗。
多肽疫苗具有安全、容易制備、特異性強、易于保存和應用的特點。
多肽疫苗在臨床實驗中的安全性、免疫原性和抗癌 效果事必須考慮的問題。首先，任何誘發免疫反應的嘗試，尤其事對于那些弱抗原，如果癌癥患者的免疫系統已經被抑制，那將是無用的。而許多傳統的第二線抗癌治療，比如說化療和放療可能有很高的免疫抑制。因此，服用任何種類的多肽疫苗，免疫系統從上述治療所引起的效應中復原事重要的。因此通過以下方法增強多肽疫苗的免疫原性和穩定性。1抗原肽必須與適當的佐劑配合，以促進他們向DC傳遞，同時活化APC，觸發T細胞應答。2肽段與MHC分子結合的親和力事引起免疫應答的決定因素。所以可以置換氨基酸殘基提高與MHC分子親和力。3、修飾空間結構，模擬天然表位構象。4、使用DC多肽疫苗。5、化學修飾肽段增加穩定性。
多肽疫苗克服了傳統疫苗的許多缺點，可大規模化學合成，易于純化，在人體應用在非常安全。如果在短肽上鏈接一些化合物制備成內在佐劑，可大大提高免疫效應。另外制備多價疫苗，接種后可同時預防多種疾病。尤其在腫瘤治療中應用廣泛，可降低由放療、化療帶來的巨大副作用，對腫瘤細胞具特異性殺傷。這些特點都預示著多肽疫苗可能是疫苗學的發展方向。
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