在上海試點導致其他地區與上海的政策不一致。鄭建新說，由于增值稅和營業稅的制度差異，加之本次改革試點僅在個別地區的部分行業實施，必然帶來試點地區與非試點地區、試點行業與非試點行業、試點納稅人與非試點納稅人之間的稅制銜接問題。為妥善處理好這些問題，試點文件從三個方面做出了安排：
一是不同地區之間的稅制銜接。納稅地點和適用稅種，以納稅人機構所在地作為基本判定標準。試點納稅人在非試點地區從事經營活動就地繳納營業稅的，允許其在計算增值稅時予以抵減。
二是不同納稅人之間的稅制銜接。對試點納稅人與非試點納稅人從事同類經營活動，在分別適用增值稅和營業稅的同時，就運輸費用抵扣、差額征稅等事項，分不同情形做出了規定。
三是不同業務之間的稅制銜接。對納稅人從事混業經營的，分別在適用稅種、適用稅率、起征點標準、計稅方法、進項稅額抵扣等方面，做出了細化處理規定。
談到下一步改革試點的計劃安排，鄭建新表示，目前北京等地區也上報了參加試點的申請，財政部和國家稅務總局將密切跟蹤上海市試點運行情況，認真總結試點經驗，逐步擴大試點范圍，力爭在“十二五”期間將改革逐步推廣到全國范圍。
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