深加工結轉是指加工貿易企業將保稅進口料件加工的產品轉至另一加工貿易企業進一步加工后復出口的經營活動。對轉出企業而言，深加工結轉視同出口，應辦理出口報關手續，如以外匯結算的，海關可以簽發收匯報關單證明聯；對轉入企業而言，深加工結轉視同進口，應辦理進口報關手續，如與轉出企業以外匯結算的，海關可以簽發付匯報關單證明聯。
1. 計劃備案
（1）轉出企業在申請表（一式四聯）中填寫本企業的轉出計劃并簽章，憑申請表向轉出地海關備案；
（2）轉出地海關備案后，留存申請表*一聯，其余三聯退轉出企業交轉入企業；
（3）轉入企業自轉出地海關備案之日起20日內，持申請表其余三聯，填制本企業的相關內容后，向轉入地海關辦理報備手續并簽章；
（4）轉入地海關審核后，將申請表第二聯留存，第三，第四聯交轉入、轉出企業憑以辦理結轉收發貨登記及報關手續。
2. 收發貨登記：
（1）轉出、轉入企業辦理結轉計劃申報手續后，應當按照經雙方海關核準后的申請表進行實際收發貨。
（2）轉入、轉出企業的每批次收發貨記錄應當在保稅貨物實際結轉情況登記表上進行如實登記，并加蓋企業結轉專用名章。
（3） 結轉貨物退貨的，轉入、轉出企業應當將實際退貨情況在登記表中進行登記，同時注明“退貨”字樣，并各自加蓋企業結轉專用名章。
3. 結轉報關（先報進口再報出口）
（1）轉出、轉入企業分別在轉出地、轉入地海關辦理結轉報關手續。轉出、轉入企業可以憑一份申請表分批或者集中辦理報關手續。轉出（入）企業每批實際發（收）貨后，在90日內辦結該批貨物的報關手續；
（2）轉入企業憑申請表、登記表等單證向轉入地海關辦理結轉進口報關手續，并在結轉進口報關后的第二個工作日內將報關情況通知轉出企業 ；
（3）轉出企業自接到轉入企業通知之日起10內，憑申請表、登記表等單證向轉出地海關辦理結轉出口報關手續；
（4）結轉進口、出口報關的申報價格為結轉貨物的實際成交價格；
（5）一份結轉進口報關單對應一份出口結轉出口報關單，兩份報關單之間對應的申報序號、商品編碼、數量、價格和手冊號應當一致；
（6）結轉貨物分批報關的，企業應當同時提供申請表和登記表的原件和復印件。
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