無菌室的消毒滅菌工作，對于那些不能利用物理方法進行滅菌的物品、空氣、工作面、操作者皮膚、某些實驗器皿等。常用的化學消毒劑包括甲醛、高錳酸鉀、70%～75%乙醇、過氧乙酸、來蘇爾水、0.1%新潔爾滅、環氧乙烷、碘伏或碘酊等。其中利用70%～75%乙醇、0.1%～0.2%氯化汞、10%次氯酸鈉、飽和漂白粉等進行實驗材料的滅菌。
利用甲醛加高錳酸鉀[(2mL甲醛+1g高錳酸鉀)/m3]或乙二醇(6mL/m3)等加熱熏蒸法進行無菌室和培養室的消毒。在使用時應注意安全，特別是用在皮膚或實驗材料上的消毒劑，須選用合適的藥劑種類、濃度和處理時間，才能達到安全和滅菌的目的。
無菌操作室的消毒是至關重要的。由于無菌操作室的污染來源主要是空氣中的細菌和真菌孢子，因此長期停用后的無菌操作室應進行熏蒸消毒，熏蒸是用高錳酸鉀+甲醛[(2mL甲醛+1g高錳酸鉀)/m3]進行無菌室的消毒。經常使用的無菌操作室，在每次使用前都應進行地面衛生清潔，并用紫外線燈照射30min，進行空氣消毒。對超凈工作臺，每次操作前用紫外燈照射30min，然后用70%～75%酒精擦拭。
采自動物機體的實驗材料，攜帶著微生物及雜質，接種前須進行表面消毒滅菌，對內部已受微生物侵染的材料應予以淘汰。從動物機體采集的某些組織塊，須用消毒劑進行浸泡處理，進行表面消毒。常用消毒劑有過氧化氫(10~12%，浸泡5~15 min)、過氧乙酸(0.05%，浸泡30s~1min)、酒精(70~75%，浸泡2 min)。
滅菌程序驗證內容
撰寫驗證方案及制定評估標準。
確認滅菌設備技術資料齊全、安裝正確，并能處于正常運行。
確認關鍵設備控制儀表在規定的參數范圍內能正常運行。
采用被滅菌物品或模擬物品進行重復實驗確認滅菌效果符合規定。
完善文件記錄，撰寫驗證報告。
滅菌保證
滅菌效果與滅菌前產品污染程度及污染菌特性有關，把握微生物污染水平及污染菌耐受性，注意各個環節降低污染程度。
滅菌冷卻階段防止已滅菌物品再次污染。
適用生物指示劑、化學指示劑等監控滅菌結果。
生物指示劑
基本要求：
菌種的耐受性應大于需滅菌產品中所有可能污染菌的耐受性。
菌種應無致病性。
菌株應穩定，存活期長，易于保存。
易于培養。若使用休眠孢子，孢子含量在90%以上。
常用生物指示劑
濕熱滅菌：嗜熱脂肪芽孢桿菌孢子（ATCC7953等，活孢子數為5×105～5×106個/片)。
干熱滅菌：枯草芽孢桿菌孢子（ATCC9372等，活孢子數為5×105～5×106個/片)。
輻射滅菌：短小芽孢桿菌孢子（ATCC27142等，活孢子數為5×107～5×108個/片)。
枯草芽孢桿菌孢子（ATCC9372等，活孢子數為5×105～5×106個/片)。
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