微波殺菌是微波的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡；生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細菌結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖酸（DNA），是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲形大分子。足夠強的微波場可以導致氫鍵松馳、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變，甚至斷裂。微波滅菌正是利用了電磁場的熱效應和生物效應對生物的破壞作用，因此，微波殺菌溫度低于常規方法，僅要70～105℃，時間約90～180s。
從圖3可見，微波殺菌要有三個階段，*一階段是迅速升溫，達到預定殺菌溫度，此段宜用較強的均勻能量密度；第二階段是保溫過程，使殺菌物料的溫度處于均衡的過程，第三階段是自然或強制冷卻過程。
2. 微波加熱干燥、殺菌特點
2.1 加熱迅速、均勻
不需熱傳導過程，它能在瞬間穿透到被加熱物料中，穿透深度可達幾厘米，甚至十幾厘米，甚至十幾厘米，數秒到數分鐘就能把微波轉換為熱能。微波具有選擇加熱，將使加熱更均勻。
2.2 節能高效 |
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